28 марта 1991 г. в Московском планетарии состоялось учредительное собрание Академии космонавтики им. К.Э. Циолковского.
С идеей создания общественной научной организации в сфере космонавтики, космической деятельности выступили осенью 1990 года члены Организационного комитета ежегодных научных чтений им. К.Э. Циолковского и приложили много усилий для реализации этого замысла. Инициаторами создания Академии выступили Ф.П. Космолинский, Б.Н. Кантемиров, В.П. Сенкевич, А.Д. Урсул, А.М. Никулин, а затем и другие.
Уже в октябре 1990 года членами инициативной группы Ф.П. Космолинским и В.П. Сенкевичем был разработан основополагающий документ «Предложения по созданию Академии космонавтики РСФСР» и дополнение к нему «Предложения по Уставу Академии». Большую организационную работу по учреждению и регистрации Академии провел А.Д. Урсул, избранный ее первым Президентом.
В период с 1991 по настоящее время Академия активно участвует в организации и проведении НИР И ОКР, в разработке и популяризации программ и различных направлений космической деятельности, исследовании фундаментальных и прикладных проблем космонавтики, космической деятельности.
30 марта 1999 года на Общем собрании Академии утверждены изменения и дополнения в её Устав. 25 апреля 2006 года на Конференции Академии вновь с целью приведения в соответствие с действующим Законодательством учредительных документов Академии были утверждены соответствующие изменения и дополнения. 16 июля 1999 г. академии космонавтики им. К. Э. Циолковского присвоено наименование «Российская».