С идеей создания общественной научной организации по космонавтике выступили осенью 1990 года члены Организационного комитета ежегодных научных чтений им. К.Э. Циолковского и приложили много усилий для реализации этого замысла. Инициаторами создания Академии выступили Ф.П. Космолинский, Б.Н. Кантемиров, В.П. Сенкевич, А.Д. Урсул, А.М. Никулин, а затем и другие. Уже в октябре 1990 года членами инициативной группы Ф.П. Космолинским и В.П. Сенкевичем был разработан основополагающий документ «Предложения по созданию Академии космонавтики РСФСР» и дополнение к нему «Предложения по Уставу Академии». Большую организационную работу по учреждению и регистрации Академии провел А.Д. Урсул, избранный ее первым Президентом.

Учредительное собрание Академии космонавтики им. Циолковского состоялось 28 марта 1991 г. в Московском планетарии. Затем были сформированы основные направления ее деятельности, структура и первоначальный состав в виде тематических отделений, объединенных в направления, возглавляемые вице-президентами. С 1991 года работу Академии космонавтики им. К.Э. Циолковского возглавляют Президент и Президиум. Текущую работу осуществляет Бюро Президиума, в состав которого входят Президент, первые вице-президенты и вице-президенты по направлениям, руководители наиболее крупных структур и служб.

16 июня 1999 года Академии космонавтики им. К.Э. Циолковского присвоено наименовании «Российская».

Президенты Академии

Урсул А. Д. (1991 — 1997 г.г.)	Уткин В.Ф. (1997 — 2000 г.г .)
Сенкевич В.П. (2000 — май 2005г.г.)	Коротеев А.С. (2005 — 2011 г.г.)
Бармин И.В. (с ноября 2011 г.)

Почетные президенты Академии

Бармин В. П. (1991—1993 г.г)	Яшин Ю. А. (с 1993 г .)
Урсул А.Д. (с 1997 г .)	Коптев Ю.Н. (с 2002 г.)